במודל קיימות כמה הנחות יסוד שיש לחשוף כדי לדון בו:
* קיים [[מסגור מחדש|frame]] אחד שרלוונטי לכל הארגונים (חוזקות, חולשות וכו');
* החלופות וההיבטים השונים ידועים ברובם, רק צריך לשבצם כראוי;* סימטריות במידע - השחקנים השונים במערכה יודעים את אותו הדבראותם הדברים;
* בינאריות - או שזה טוב או שזה רע;
* אין צורך ב[[מסגור מחדש]] ו[[המשגה]], רק באנליזה של המרכיבים.
הנחות אלו, שניתן לחלוק עליהן, מובילות לשורה של בעיות, אותן חושפים מחקרים מן העשורים האחרונים.
===מחקרים על הבעיות במודל ה-SWOT===
השימוש הרווח כל כך במודל הוליד מחקרים על האפקטיביות שלו. אלא שבמחקרים במחקרים אלו עלה כי גופים שהשתמשו במודל נטו להציג יכולת נמוכה מאוד של [[חשיבה אסטרטגית]]. כך, למשל, נמצא{{הערה|Terry Hill and Roy Westbrook, [http://www.repiev.ru/doc/SWOT-product-recall.pdf SWOT Analysis: It’s Time for a Product Recall] '''Long Range Planning''', Vol. 30, No. 1, pp. 46 to 52,1997}} כי טבלאות ה-SWOT בארגונים אלו נטו ל:
* רשימות מרכיבים ארוכות ללא כל תיעדוף וסדר;
* היעדר סיבתיות (למה המצב הוא כפי שהוא?) לתוכן הטבלאות
* נקודות כלליות מדי שלא התייחסו להיבטים הספיציפיים בהקשרים השונים;
* השימוש בטבלאות ליווה רק את הפרק הקצר של קבלת ההחלטות.
היבטים אלו מבהירים כולם כי השימוש ב-SWOT, שאמור להקל על תהליך גיבוש התמונה האסטרטגית, למעשה מקשה על גיבושה. במסווה של תהליך אנליטי, ה-SWOT מייצרת ריבוי של מרכיבים שאין דרך לארגן אותם באופן ייחודי ורלוונטי לסיטואציה. על כן, הם מאבדים את חשיבותם היחסית, ולבסוף מקשים על היכולת לשאת אותם לאורך זמן ועל כן . בשל כך, לאחר התהליך המאומץ הטבלאות נזנחותולא מהוות בסיס לקידום האסטרטגיה לאורך זמן{{הערה|שם.}}. יתרה מכך - תפיסה ארגונית רלוונטית מורכבת תמיד מרצף של מתחים ושל וויתורים לאור התכווננות למטרה משותפת. אך ה-SWOT הבינארי איננו מאפשר למתחים אלו להתקיים, ופוגע ביכולת להתכוונן יחד לפעולה בתוכם. במלים אחרות - ה-SWOT יכול להוות כלי טוב ופשוט לברירה של חלופות מקומיות, אך בשאלות [[אסטרטגיה|אסטרטגיות]] הדורשות הבנה ייחודית של הסיטואציה הכלי הזה מייצר כשלים מובנים.
==חלופות למודל ה-SWOT==
[[File:Cynefin_framework_Feb_2011.jpeg|150px|thumb|[[מסגרת קינפין]] - חלופה דינאמית]]