השימוש בהאקתונים מייצר מספר יתרונות בסביבה הפנים ארגונית – מדובר בכלי זול יחסית, שמעודד עובדים לחשוב במשותף על אתגרים ולהיחשף למספר נקודות מבט על הבעיה. האווירה בדרך כלל משוחררת יותר ומעודדת שיתופי פעולה לא רשמיים שקשה לייצר בשגרת העבודה הרגילה.
==בעיות מנגה פתרונות ממאדיםשימוש בהאקתונים בסוגיות מערכתיות ואסטרטגיות ==
אבל, וזהו אבל משמעותי, האקתון זה כלי עבודה שרלוונטי בעיקר עבור בעיות בעולם המורכב או הניתן לידיעה. כלומר, מדובר בבעיה שאנחנו כארגון לא הכרנו, אך מישהו בחברה אחרת/באקדמיה/ בספרות התיאורטית התמודד איתה בעבר בהצלחה. בהשקעה נכונה של משאבים (זמן, הבאת מומחים שונים, ידע חיצוני) ניתן לאתר ולנתח את הקשר הלוגי הקיים בין הבעיה לפתרון ולפעול בהתאם.