כדי להפוך את הסיעור לכלי אפקטיבי כדאי לבחון שימוש במהלכים הבאים להבניית התהליך:
*'''הנחיה רלוונטית -''' סיעור מוחות מובנה הוא לא רק קבוצה של אנשים שמתאספת בחדר כדי לדבר ולזרוק רעיונות, אלא תהליך שיש לו עליות ומורדות בדרך למטרה ברורה אך בלתי ידועה (אם היינו יודעים אותה לא היינו יוצאים לסיעור). התפקיד של המנחה הוא לנהל את האירוע [[כאוס|הכאוטי]] הזה. זה לא פשוט בכלל, כי הנחיה הדוקה מדי נוטה לסרס את ה[[חדשנות]] ואילו הנחיה רופפת מדי לאבד את המיקוד והעשיה המשותפת. כדאי מאוד לבחור להנחיית הדיון אדם שהנושא והקבוצה נוגעים לו אך אינו להוט להסכים על פתרון שכבר נטוע אצלו בראש.
*'''מסגור מתמשך, בתחילת הדיון, בסופו, ובין מפגש למפגש''' – תכלית הדיונים היא יצירה של ידע בהקשר. במובן זה, תפיסת ההתבדרות של סיעור המוחות לא יכולה לסייע במאמץ לאורך זמן. לכן, יש צורך בתהליך של הכנה, לפחות מינימאלית, לכל מפגש, וכן ניסיון להבהיר את מצב הידע החדש בסופו בכדי להפוך את ההבנות של המפגשים לחלק מגוף ידע רחב יותר. המסגור (framing) מתבטא בשאלה היכן בתוך התמונה הרחבה מצוי הידע שפותח בדיון, ועל כן גם הדימוי של יצירת הידע הוא מפה, ולא תרשים השמש המוכר מתהליכי סיעור מוחות.
*'''הכנה''': בקבוצה קטנה של בעלי העניין המובילים של הדיון (רצוי - עד 2-4 משתתפים) יש להבהיר מה הבעיה או הנושא שאיתם אנחנו מנסים להתמודד, איזה ידע נדרש למשתתפים וכיצד נמסגר את הדיון כך שלא יגלוש להיבטים או סוגיות לא רלוונטיות.
*'''[[מסגור מחדש|מסגור]] הדיון''': דיוני פיתוח ידע מייצרים רמות גבוהות של אי וודאות. המסגור נועד לתחום את אי הוודאות כדי לייצר חשיבה אפקטיבית בליבה. האתגר הוא למצוא את המינון הנכון בין פתיחה של הנושא לבין סגירת הקצוות הלא רלוונטיים.
*'''משך הדיון''': המשך האידאלי של דיון מהסוג הנדון הוא כשעתיים. בזמן זה ניתן להציג את הנושא באופן מספק, לערוך דיון מעמיק ולא חפוז ובסוגיה, ולסכם את התובנות ואת המשך הפעולות הנובעות מן הדיון.
*'''המשתתפים''': מאחר והדיון נערך בשל תקיעות מסויימת, יש ערך רב בהגדרה נכונה של קבוצת המשתתפים:
**'''צמצום ההשפעה של פוליטיקה והיררכיה על הדיון בחדר''' - בבחירת המשתתפים יש לתת את הדעת להיבטים של היררכיה ופוליטיקה ארגונית, כאשר המטרה היא לייצר דיון פתוח וכנה ככל הניתן. מאחר וסיעור מוחות נתפס לרוב כתהליך מקדים ל[[קבלת החלטות]] (או אף ל״בזבוז זמן״), ניתן בדרך כלל לקבוע אותו עם צוות קואופרטיבי ורלוונטי.
**'''אופי המשתתפים''' - לא כל עובד או מנהל מתאים כשותף בתהליך פיתוח ידע. כדאי לבחור את מי שאנו חושבים שנרצה לחשוב יחד איתם, ולא את מי שעלולים לסגור את הדיון מהר מדי, להסיט אותו לנושאים אחרים, או להכנס להתנצחויות מיותרות.
*'''תפקידים''': ככל הניתן כדאי לדאוג לכך שיהיו 3 משתתפים שיהיו גם בעלי תפקיד שיקחו אחריות על 3 המשימות המרכזיות בדיון: הובלת הדיון(מנחה); [[חילוץ ]] תובנות (ניסוח ההבנות המרכזיות על לוח, מסך משותף או במחברת); סיכום (טקסט מלא של הדיון, ללא דוברים).
*'''מבנה הדיון''':
**'''פתיחה''' - בפתיחה קצרה (לא יותר מ-5-15 דקות) מכנס הדיון צריך להציג את תמצית הסיפור והידע נדרש לדיון ואת מסגור הדיון והסוגיה. במסגור הדיון ניתן להציג שקף או לצייר על לוח מחיק את הסוגיות המרכזיות שדנים עליהן, מתחים חשובים, או שאלות. יש ערך להמשיך ולהציג את השקף הזה במהלך הדיון. הפתיחה צריכה להיות לא מיגעת (ולהמנע ככל הניתן מלהציג נתונים, גרפים ותרשימים שלא לצורך).